一、设计原则
   1. 根据培养目的和规模来设计。其规模大小根据市场需求、年预期产苗量、投资额、现有条件等因素综合确定，体现适用性。
   2. 流水线式设计布局合理，符合生产工艺流程和工作程序，便于操作，体现系统性、适用性，利于提高生产效率。
   3. 防止污染，体现针对性和可控性。
   4. 降低成本，节能、安全，体现经济实用性。
   设计总体要求
   1. 育苗工厂选址要求排灌水方便，远离污染源，水电供应充足，交通便利(但要远离交通干线200m以外)，周边环境清洁，地下水位在1.5m以下。一般建在城市的近郊区。
   2. 育苗工厂各车间的大小与相对比例合理，在车间的设计和设施设备的配置、摆放上与其功能相适应。特别是接种车间和培养车间要求密闭，保温性能良好，能够充分利用自然光源，以减少污染及能耗。为了节省用地，也可以改成楼层设计，但必须增加电梯吊装设备，并考虑各作业间之间流水作业的便捷。
   3. 建筑与装修材料要经得起消毒、清洁和冲洗；厂房的防水处理应高标准，不能有渗漏雨现象；地基最好高出地面30cm以上。
   4. 整体净化。对于规模比较大的组培室，300平米以上，最好考虑采用整体净化，便于环境控制。减少污染、温度等对组培生产的制约。
    二、规模确定
    植物组织培养实验室的大小可根据各自的工作性质和生产规模来设计，面积可大可小，主要用于科研和小规模生产的，面积较小；进行大规模工厂化生产的，面积较大，也常称为“组培工厂”。不论是实验室还是组培工厂，其建造要求、结构和功能基本相同，只是规模大小不同而已。
     一个大型的组培室可设置洗涤室、药品室、称量室、培养基配制室、灭菌室、接种室、培养室、观察记录室、储藏室等，另外在室外还配有一定面积移苗温室。小型组培室可在同类中加以合并，如洗涤室、培养基配制室、灭菌室合并为一个准备室，药品室、称量室、观察记录室合并为一个综合实验室。但是接种室、培养室和移苗室都需要单独设置。
    组培室布局要合理，通常按组织培养的工作程序，安排成一条连续的生产线，避免因有的环节倒排，而增加以后工作的负担或引起混乱。设计时要做到工作方便，减少污染，节省能源，应设有消防设施，安全使用。