一．病害
石斛主要病害有：黑斑病、煤污病、软腐病、叶锈病、疫病等。
1．黑斑病：症状为嫩叶上出现褐色小斑点，斑点周围黄色，逐步扩散成大圆形斑点，严重时在整个叶片上互相连接成片，直至全叶枯黄脱落。防治方法：一般发病/期或者雨季之前用50％多菌灵1000倍液预防和控制，或用代森锰锌500倍液防治；若有植株发病应及时清除病残，集中深埋或者烧毁；发病时使用20％戊唑醇（或者其他三唑类农药）2000倍液防治效果好。
2．煤污病： 症状主要是整个植株表面覆盖一层煤烟灰状的黑色粉末状物，严重影响光合作用，导致植株发育不良。防治方法：可用50％多菌灵1000倍液，或0.3度石硫合剂喷雾1-2次进行防治，效果较好，但使用石硫合剂时应注意天气变化，雨天或阴天不能使用。
3．炭疽病：症状主要是叶片上出现深褐色或黑色病斑，周围有由内到外成圈状的黑色斑纹，严重时可使茎干、新株受感染。防治方法：发病初期可用50％多菌灵或甲基托布津1000倍液喷雾防治，或者20％戊唑醇2000倍液，防治效果好。
4．软腐病：症状主要是植株茎干呈水渍状，由上往下软腐而腐烂，造成死苗，尤其幼苗生长期更为突出。防治方法：雨季禁止植株基质积水或者植株带水过夜，减少氮肥使用量，用高磷钾肥或者追施0.05％硫酸钾等肥料增强抵抗力，发现病株立即连其周围基质一起清除，严重时用农用链霉素600倍液和扑海因1000倍液混合喷洒。
5．叶锈病：首先受害茎叶上出现淡黄色的斑点，后变成向外凸出的粉黄色疙瘩，最后孢子破裂而散发出许多粉末状孢子，危害严重时使茎叶枯萎死亡。防治方法：种植地块不能过湿，雨后及时排水，根据情况减少覆盖物，促进根系通风透气；严重时用粉锈宁800倍液喷洒页面，每隔5-7天喷洒1次，连喷3次。
6．疫病：病菌在病株或以卵孢子等在病残体及土壤中越冬；通过风雨或水滴滴溅传播，潜预期短，3-5天左右。该病发生早晚与降雨早晚及次数、温室内空气相对湿度密切相关，多雨、高湿（85％-95％）时易发病且较为严重。喷水、通气差加重病害发生。气温低于25℃，连续阴天或阴雨后放晴易流行该病。该病常使植株幼嫩部分腐烂，丧失商品价值ǜ貌∈怪仓晟喜啃囊痘部发生水渍状褐色腐烂，并向叶尖端扩展；该病引起茎呈水渍状褐腐，病重时使茎的1/3-1/2烂掉。防治方法：雨后及时排水、盆中不积水、湿度控制在80％左右是防病的重要方法；及时清除病残体；病土病盆及时处理，不可再利用；发病初期喷药，叶心病部涂药，不可以滞留药液。常用药剂有72％克露或霜脲・锰锌可湿性粉剂600倍液、69％安克・锰锌可湿性粉剂500倍液、60％灭克可湿性粉剂1000倍液等。
二．虫害
危害石斛的害虫主要有石斛菲盾蚧、蚜虫、蜗牛、地老虎等，主要危害幼芽或叶片表面，吸食汁液，咀食叶片，影响幼簧长，传播病害。
1．蚜虫：主要危害新芽和叶片，当嫩株茎尖上出现蚜虫时，可选用克蚜敏600倍液或者70％吡虫啉2500倍喷洒，每隔5天喷洒1次，连喷3次。
2．蜗牛：在云南地区南部1年可多次发生，以雨季危害较重。虫体爬行于石斛植株表面，舔食石斛茎尖、嫩叶，舔磨成孔洞、缺口或将茎苗弄断。防治方法：选择晴天的傍晚，将蜗克星或梅塔颗粒撒于种植床上下，1-2天内不宜浇水，药剂用量应根据虫害发生情况合理使用。亦可采用人工捕捉的方法进行防治。
3．石斛菲盾蚧：该虫寄生于石斛叶片边缘或叶背面，吸取汁液，引起植株叶片枯萎蜓现厥痹斐烧株枯黄死亡。同时还可引发煤污病。5月下旬是其孵化盛期，可用敌杀死1000倍液喷洒或1:3的石硫合剂进行喷杀，效果较好。已形成盾壳的虫体，可采取除老枝集中烧毁或人工捕杀的方法防治。
4．地老虎：该虫在云南南部可常年发生，其在傍晚和清晨食铁皮石斛的茎基部，造成石斛死亡。可在早春或者初秋使用辛硫磷2000倍液灌施预防；或者清晨露水未干时采用人工捕捉的方法防治。